אגף מדורי התשלומים מטפל במגוון נושאים כדלהלן:
עובדים פלשתינים - תשלומי השכר והתנאים הסוציאליים והנפקת רשיונות העסקה.
עובדים זרים בבנין ובחקלאות - הנפקת היתרים לעובדים זרים.
גבית אגרת בקשה - גבית אגרות בגין העסקת עובדים זרים בכל הענפים.
ביקורת - ביקורת על תשלומי השכר של העובדים הזרים.
הורה יחיד - תשלומי מענקים והטבות להורים יחידים ולמעסיקים.