עיקר תפקודי האגף לאיגוד שיתופי:
· רישום אגודות.
· אישור תיקון תקנוני אגודות, לרבות תיקון שם האגודה.
· סיווג אגודות שיתופיות.
· פיקוח על אגודות שיתופיות.
· עריכת חקירה ובדיקה באגודות.
· עדכון פנקס חברים.
· מינוי ועד ממונה.
· הטלת עיקול זמני על נכסים.
· הקפדה על עריכת ביקורת חשבונות באגודה.
· בדיקת פנקסי האגודה.
· טיפול בהפיכת אגודה לחברה.
· אישור מיזוג אגודות שיתופיות.
· פירוק אגודות.
· הגשת תביעות נגד אגודות שאינן מקיימות את הוראות הדין.
· יישוב סכסוכים בין חברי האגודות לאגודת ובין חברים בינם לבין עצמם - (בהתאם לתקנון האגודה.
· רישום שיעבודים.
· ביטול רישום האגודה.

האגף מקיים משימות חינוכיות והסברתיות לרבות השתתפות בעריכת מחקרים ופרסומים בנושא הקואופרציה, השתתפות בכנסים בין-לאומיים בנושא הקואופרציה וייצוג המדינה בכנסים אלו.